Functioneel beheer is gericht op het afstemmen en optimaliseren van de informatiesystemen op de bedrijfsprocessen en de eindgebruikers. Dit omvat het configureren van applicaties voor het gebruik door medewerkers, het aanmaken van nieuwe gebruikers, het toekennen van toegangsrechten, het inrichten van rapportages et cetera.
Zie ook technisch beheer, applicatiebeheer